Но и не так уж всё сложно.
Библия, всё-таки, была написан для нас с Вами, а не дле каких-то астральных мудрецов.
В первом стихе Бытие рассказывает о создании "земли" (с маленькой буквы) в значении "материальный мир", а во втором стихе описывается создание планеты Земля. Поэтому употребляются слова "безвидна, пуста, тьма, бездна" и т. п. признаки материального мира.