Да именно так и есть, изгнал Иисус только из отрока.
С чего вы взяли что Иисус изгонял что то из учеников?Иисус каким образом изгнал бесов, как по Вашему, неверия из сына, отца и учеников?
Это Он сказал духу который был в отроке.Он приказал духу выйти: дух немой и глухой! Я повелеваю тебе, выйди из него и впредь не входи в него.
Нет, Он говорит о роде по причине которого не смогли ученики изгнать беса.Ученикам же объясняет, что сей род изгоняется только молитвою.
Никакого вопроса не возникает, вы просто не понимаете написанное. Вчитайтесь внимательней, а лучше сравните с другими местами этот случай.Возникает вопрос: разве может Иисус противоречить себе, Сам изгнал беса повелением, а ученикам сказал, что только молитвою изгоняется.
Если бы бес изгонялся только молитвою, то Иисус бы просто помолися и всё, а не приказывал бы бесу выходить.
И ещё в тексте видно как Иисус повелевает духу(в ед. числе) и из него(так же в ед. числе).