Как правило это уже обжитые и используемые для богослужения помещения. Их уже выбрали заранее с восточной ориентацией.
Хотя были и есть примеры, когда алтарь находится на юге. Во временном помещении. В поездах-вагонах же алтарь тоже вращается как ему заблагорассудится. Посему, не критично.
Алтарь можно присовокупить к чему угодно. Не сложно.