Бог не судил Каина по плоти, а по духу. И Каин перестал пребывать пред лицом Божием и оказался в смерти, во тьме. Это есть смерть. По сути он был отлучен от Бога.
Быт 4:14 "вот, Ты теперь сгоняешь меня с лица земли, и от лица Твоего я скроюсь, и буду изгнанником и скитальцем на земле; и всякий, кто встретится со мною, убьет меня."
А непреднамереные убийцы по сути живя в городах убежищах, не участвовали в приношениях Богу и были изолированы от общества Господня. При этом они могли туда не убегать, если не боялись, что их убьют. Само изоляция.