Нет. Смысл не изменился и остался таким, каким вы его заложили в свою фразу.
- Человеческая душа - это Бог...
- этого Бога зовут Святой Дух
- этот Бог Святой Дух является носителем человеческой личности
Таким образом Бог является основой бытия человека, что соответствует утверждению Христа "Царствие Божие внутрь вас есть".
Если вы составили свою фразу так неудачно, что она несет не тот смысл, который вы хотели в нее заложить, то повторите это другими словами и с другим построением предложения. Так, чтобы не возникало разночтения.