Текст прямо называет Сына Богом. Что вам ещё?
То как Бог мог умереть есть тайна: 1Тим 3:16: "И беспрекословно — великая благочестия тайна: Бог явился во плоти, оправдал Себя в Духе, показал Себя Ангелам, проповедан в народах, принят верою в мире, вознесся во славе."
Фома не удивлялся, в тексте нет слов об удивлении Фомы. Есть исповедание Фомы.
Иисус - Ипостась Единого Бога.