Ну мы пока не знаем, что такое вторая смерть. Если первая смерть не означает небытия, то вполне возможно, что и вторая смерть тоже не означает небытия. Написано же - у Бога все живы.
Но это не обязательно, что живы именно души. У человека, кроме души, есть ещё дух и тело.