Может ли Бог руками нечестивых наказывать Церковь за отступление от Христа, как это было с отступившим от Бога Израилем, которого Бог бичевал руками Новохудоносора?
Да, может.
Примером тому служит разрушение храмов большевиками, гонения и казни за веру в ХХ веке.
Вот в этом случае Церковь должна была понять с чьего благословения над Церковью учиняется такой суд руками нечестивых и прославить Бога за это. А так же благословлять и руки наказующих за отступление, ибо руки эти действуют не по своему произволению, а по воле Божьей.
В иных случаях благословлять грех нечестивых это добровольное сумасшествие, безрассудство веры.