И был вечер, и было утро: день один

[Dakot]

Бытие 1 глава
1 В начале сотворил Бог небо и землю.
2 Земля же была безвидна и пуста, и тьма над бездною, и Дух Божий носился над водою.

Итак, земля была безвидна и пуста, безжизненная планета, в отличии от неба, наполненного жизнью, являющегося местом обитания Бога и Ангелов

Под словами "сотворил Бог небо и землю" имеется в виду "сотворил Бог мир духовный и мир материальный". Тогда всё становится на свои места.
Материальный мир (земля), действительно был невидим (тёмен), безграничен (бездна) и был подвластен только Духу Божьему.

3 И сказал Бог: да будет свет. И стал свет.
4 И увидел Бог свет, что он хорош, и отделил Бог свет от тьмы.
5 И назвал Бог свет днём, а тьму ночью. И был вечер, и было утро: день один.

Вопрос, откуда взялся вечер, если свет был отделён от тьмы и они никак не соединялись.

Соединялись.
Только процессы соединения (вечер и утро) были очень короткими: щёлк - и уже день, щёлк, - и уже ночь, как в космосе.

А так же возникает вопрос, почему Библия именует вечер и утро одним днём, каким образом вечер можно причислить к дню?

Потому что в Бытии День - это не от восхода до заката, а 24-х часовой период, как у современных астрономов (блеск вечерней и новой зари).