Грамматика русского языка в этом случае требует писать именно так.
Если Сущий - это подлежащее, без существительного в именительном падеже, - то, конечно, пишем с большой буквы.
Если подлежащее в виде существительного (в данном случае Отец) уже есть, значит сущий - это не подлежащее, а определение при нем, и сего ради пишется со строчной буквы.
Все хорошо.
Я не пойму, в чем разница, вот вам два стиха, объясните мне на них.
Тогда Иисус сказал ему в ответ: блажен ты, Симон, сын Ионин, потому что не плоть и кровь открыли тебе это, но Отец Мой, Сущий на небесах;
(Матф.16:17)
Там,где слово Сущий пишется с большой буквы это намек на Имя Собственное Бога.
А где с маленькой это просто "существующий"
Так пишут те кто и близко не знаком с Отцом Небесным. Вы хоть раз просматривали места Евангелие где Сущий написан с заглавной буквы. Какой смысл в написанном, о Ком идет речь? Всего три места не так много.