А с милостивым по милости его.

[Семён Семёныч]

А люди, которые входят в религиозную организацию очень даже могут молиться о чем угодно, даже и во зло. Церковь понятие абстрактное, а молятся люди реальные.

Церковь не может молиться не на добро, это нонсенс, отдельные дефективные может и молятся как им бес внушает, но не вся Церковная полнота.
И если Церковь всей своей полнотой молится об усмирении разрушающей стихии мира, а Бог не исполняет, то это что же получается, Церковь молилась не на добро?