Написано в начале, означает это начало. Было Слово. Сын рождён Духом и рождение Его было в Слове которое Он произнёс. Так вот я считаю эти слова первыми были: да будит свет.
А то что Сын был у Отца ещё до слова это понятно, как и дети людей до рождения их в родителях находятся. Так и Сын был в Отце.