Действительно, "блудница Вавилонская" - многозначный символ. В советское время под ним усматривали указание на безбожную империю, производящую гонения на христиан. А в нынешнее время - империю глобализма с его насждением культа наживы.
Но на роль исторической Церкви символ "блудницы" явно не подходит. Скорее, таким (контрастным "блуднице") образом является "Жена, облачённая в солнце" (из 12-й главы).