Понимаю так, что водою омываются все грехи и только после этого всевается в человеческую природу Бог Дух Святой.
Для начала, нужно учесть, что Иисус отвечает фарисею Никодиму на его вопрос. Никодим не был христианином, а иудеем. Следовательно, если под водой и Духом понимать крещение водой, то о каком крещении Иисус говорил иудею?
Может вода вовсе не означает крещение в этом тексте?