Каким это образом противоречит? Если кто то становится вашим врагом, не смотря на ваше доброе к нему отношение, то значит не нужно делать добро? Нет. И почитать родителей нужно независимо от их отношения к вашему вероисповеданию. Никакого противоречия тут нет.
Ну, да: и святая великомученица Варвара почитала своего родителя Диоскора, который, узнав об её христианстве, предал её на мучения. За это его, правда, убило громом и молнией. Нет никакого противоречия?..