С чего Вы взяли, что Мандельштам плохо разобрался? По-моему, он сказал абсолютно положительный комплимент архитектуре Аштаракской церкви в условно-поэтической форме. Вас смутили гротескные метафоры, типа "жалкий погребец", "нищая темница" ?
Это сделано для эмфазы - чтобы выделить значение внутреннего пространства, которое произвело особое впечатление на поэта.