Политика создания «Четвертого Рима» по Западно-Европейскому светскому образцу (символом которого должен был стать Санкт-Петербург), не могла не нанести удар по Православной Церкви, и без того ослабленной предыдущими десятилетиями Раскола. Властолюбивый и недоверчивый, первый Российский Император не желал ни уступать, ни делиться своей безграничной властью. «По учреждении Синода духовенство поднесло Петру просьбу о назначении Патриарха. Тогда-то (по свидетельству современников – графа Бестужева и барона Черкасова) Петр, ударив себя в грудь и обнажив кортик, сказал: «Вот вам патриарх».Упразднение Патриаршества и учреждение Синода во главе с обер-прокурором – не имевшим сана светским чиновником – ставили Русскую Православную Церковь в положение, хотя и привилегированное, но подчиненное Государству и лишенное самостоятельного авторитета. Соборы, как выразители голоса Церкви, долженствующие «собиратися на всякое лето, ради совопрошания и истязания о церковных вещех и о разрешении недоуменных и неудоборазумных вин» не созывались на Руси с петровского времени без малого 200 лет. Такая ненормальная картина была явным отображением того искаженного положения, в котором находилось Русское церковное управление после Петровских реформ. Однако, отступление Петром I и его преемниками от принципов государственно-церковной симфонии, превращение внешней церковной структуры в часть государственного аппарата, лишение Церкви ряда Ее исторических прав все же не могло никоим образом изменить в Ней, как в Богочеловеческом организме, Главой и Крайним Судьей Которого является Сам Ее Божественный Основатель, существенного – Ее спасительной миссии. Церковь продолжала оставаться «величайшей святыней огромного большинства Русского народа», освящающей его жизнь. Православная вера продолжала быть основополагающей частью сознания многих и многих чад Церкви во всех слоях Русского общества. Она по-прежнему являлась важнейшей созидательной силой в его духовной и культурной жизни. В дни испытаний для страны она оставалась ведущим двигателем сплочения народного духа. Примером тому могут служить Отечественная война 1812 года, или освобождение Балкан в 70-е годы XIX века. Внешним проявлением этой действительности было строительство огромного числа храмов и открытие многих новых монастырей, богаделен, церковно-приходских школ и больнице, большей частью по инициативе и на средства самих верующих. Внутренним же Ее проявлением служит приумножение в этот период славных традиций Русского подвижничества и святости, развитие новых форм традиционного благочестия, примерами чего является рост влияния на жизнь верующих – в том числе и из образованных слоев общества – монастырского старчества, или успехи церковно-общественных движений, таких, как общества трезвости и других. Наконец, это расцвет религиозно-философской и Богословской мысли, обозначившимися еще в первой половине XIX века и получивший мощное развитие на рубеже столетий, будивший ясность церковного сознания у лучших представителей духовенства и образованной части церковного общества. Все это выявило явное противоречие между задачами Церкви, Ее действительной миссией и привнесенными в Ее историческое бытие человеческими факторами, чуждыми Ее природе и мешающими выполнению Ее задач.Уже в петровские времена наиболее дальновидные люди понимали опасность превращения Церкви в государственно-идеологическую структуру. В годы царствования Петра II архиепископ Ростовский Георгий Дашков поднял вопрос о восстановлении Патриаршества. Некоторое время спустя, в 1742 г. два члена Синода – митрополит Ростовский и Ярослaвский Арсений Мацеевич и Новгородский архиепископ Амвросий – сделал и открытое официальное заявление о необходимости отмены Синодального Управления. Однако, эти отдельные выступления не нашли поддержки ни у государственной власти, уже привыкшей к своему приоритету над Церковью, ни в самом Синоде. За выступления в защиту прав духовенства Aрсений Мацеевич был лишен, сана и сослан в Николо-Карельский монастырь, а позднее – заточен в Ревельскую крепость. Репрессиям и наказаниям подвергались и другие служители и иерархи Русской Православной Церкви, вынужденные ради своих убеждений идти наперекор светской власти. Вместе с тем, общественные и религиозные брожения убеждали Правительство в необходимости укрепить положение духовенства и расширить его возможности для духовно-нравственного влияния на Русское общество. Народные бунты и мятежи, многократно вспыхивавшие на протяжении XVIII столетия, сотрясали отдельные города и целые регионы страны, порой сметая все прежние общественные и нравственные устои, установленные Церковью и вековыми обычаями народной жизни. Как естественное последствие Раскола, росли и множились различные секты, куда вовлекались верующиe всех сословий. Среди дворян получало распространение масонство, а вместе с ним – западные антицерковные и материалистические воззрения. В это тревожное время только Церковь могла стабилизировать духовное состояниe общества; и понимание этого факта, конечно, повлияло на смягчение правительственного курса. Во второй половине XVIII столетия православное духовенство получило ряд правовых и имущественных привилегий, увеличивался отпуск средств на духовные учебные заведения. Указами Правительства священники освобождались от телесного наказания; по специальному представлению Синода Правительствующий Сенат подтвердил: «чтобы светскиe люди обид духовным не делали».Все эти меры находили положительный отклик среди духовенства, которое, однако, продолжало поднимать голос против обмирщения Церкви и слияния Ее со светскими структурами власти. Так, например, наставник Павла I митрополит Московский Платон (Левшин) возражал против начатой Императором раздачи орденов высшему духовенству, смущаясь тем, какое впечатление на народ произведет эта демонстрация единства духовных и светских государственных чинов. Павел I, правда, не внял советам митрополита. Для белого, то есть не монашествующего духовенства были введены специальные знаки отличия: крест на цепи, фиолетовые бархатные камилавки и митры, которые раньше носили лишь архимандриты. Эти «отличные почести», согласно указу Павла I, разрешалось давать лишь по воле или утверждению Монарха.