Каким образом жизнь стала возможна в третий день творения?

[Михаил Малачи]

а не при потопе разве были уничтожены все птицы и животные?

Потоп скорее всего носил локальный характер. Невозможно представить себе каким образом были затоплены горные хребты, среди которых есть и восьмитысячники. Хотя, все возможно.

и каким образом согрешили пресмыкающиеся?

Человек съел запретное и этим смерть вошла в мир. Его грех отразился на всей природе, а так как земля уже не давала хорошего плода, то животным пришлось поедать плоть.
Бытие (1:30)
А всем животным земным и всем птицам небесным, и всякому движущемуся по земле, в котором душа
живая, — вся зелень травяная в пищу. И стало так.

может быть человек из земли, а не земля это человек.

Может и так. Мне думается что начиная со второй главы, книга Бытие рассказывает о событиях с третьего по пятый день. Возможно в этом кроется разгадка причины первородного греха. Потому что Бог запрещает поедать плоть с кровью, но о растительной пище запрета не было.
Бытие (2:7)
И создал Господь Бог человека из Праха земного, и вдунул в
ноздри его дыхание жизни, и стал человек существом живым.
Бытие (2:17)
Адаму же сказал: за то, что ты послушал голоса жены твоей и ел от дерева, о
котором Я заповедал тебе, сказав: "не ешь от него", проклята земля за тебя;

в Писании Христос это одна лоза.

Однако мы знаем что Христос имеет две природы.

а где можно прочитать про уничтожение первых?

https://ru.wikipedia.org/wiki/Гипотеза_Альвареса

а я читаю в Бытие: Бог почил после всех дел, и всё творение было хорошо весьма.
снова погряз в грехах? а когда он впервые погряз в грехах, если в шестой день и в седьмой всё творение было хорошо весьма?

Ну это я от себя добавил, видя нынешнее состояние мира. Бог оставил творение в наилучшем виде. Он поставил мужчину и женщину управляющими и почил.